自宋至元，天禧寺一直是享有崇高地位的江南大刹，香火鼎盛。元世祖忽必烈、元文宗图帖木尔都对天禧寺青睐有加。元文宗时，由国库出钱5000缗，并从皇帝私库中捐出三碗黄金，对圣感塔进行维修。

　　明太祖朱元璋定鼎南京后，对天禧寺进行大修，寺、塔皆焕然一新。可惜的是，永乐六年(公元1408年)一场大火将该寺化为灰烬。四年之后，明成祖朱棣下令在天禧寺原址重建寺院，并改名为大报恩寺。在兴建大报恩寺时，朱棣要求“准宫阙规制”，即按照皇宫的标准进行建设。大报恩寺建成后，成为明代的皇家寺院，占地面积达400余亩，大大超越了前代。寺内殿宇众多，其中最引人注目的就是高达78米的九级琉璃宝塔。该塔是中国当时最高的建筑，而且遍体以五彩琉璃为装饰，有“天下第一塔”的美誉。西方人见到这座塔后，也将它誉为“堪与世界七大奇迹媲美的建筑奇观”。大报恩寺与琉璃塔一直保存至清朝末年，1856年毁于太平天国战火。

　　从东吴至清末的一千五百余年间，南京长干里佛祀馨香始终不散，梵呗之声从来不绝，是中国南方当之无愧的佛教圣地。三份舍利齐聚一地更创造了佛教史的一段千古佳话。