隋唐时期，长干寺逐渐破败。唐长庆四年(公元824年)，时任润州刺史的李德裕将长干寺阿育王塔地宫打开，从中发现了21枚舍利。李德裕将其中的11枚迁往润州(今江苏省镇江市)，在北固山甘露寺建塔供奉。这些舍利以后一直留在镇江，成为甘露寺镇寺之宝。1960年这11枚舍利被考古发掘出土。而另外的10枚则被留在原地，成为长干里佛教复兴的基础。

　　北宋大中祥符年间，埋藏在长干里地下的佛祖舍利经常显灵，全城僧俗民众屡生感应。这就是其后10枚真身舍利被称为“感应舍利”的原由。金陵高僧可政法师将此事上奏给当时的宋真宗，真宗派人调查后认为属实，下诏重修长干寺，并兴建九级佛塔。真宗亲自为塔赐名“圣感舍利塔”。在此次重建过程中，从北印度来华的高僧施护将他带来的佛顶骨舍利捐献给长干寺，瘗藏于新建的宝塔地宫之中。天禧二年(公元1018年)，真宗根据他的新年号，下诏将长干寺改称为天禧寺。

　　北宋时期，天禧寺还迎来了第三份重要的舍利，它来自唐代著名高僧玄奘法师(《西游记》中唐僧的原型)。他圆寂后葬于西安少陵原，唐高宗为他特建大唐护国兴教寺和五重舍利塔。唐末该塔遭盗发，玄奘遗骨不幸暴露。兴教寺僧众将其中劫余的一块顶骨护送至终南山紫寺阁，建塔奉养。北宋初年，可政大师在终南山朝圣，无意中发现了这块顶骨，千里背负迎归金陵长干寺。其后寺内专门建造了一座“三藏塔”供奉这份舍利。