中新网2月9日电 台湾检方于2006年11月3日侦结“机要费”案，检方依贪渎与伪造文书等罪将吴淑珍、马永成、林德训、陈镇慧等4人起诉；台北地方法院11月15日分案由审判长蔡守训、受命法官徐千惠及陪席法官吴定亚组成合议庭。
第一次开庭：
台北“地方法院”2006年12月15日上午首次开庭审理“国务机要费”案，陈水扁妻子吴淑珍等多人出庭应讯。吴淑珍没有回答在场记者询问的有关案情问题直接进入法庭。庭讯从9时30分开始。11时合议庭宣布休息十分钟。吴淑珍被随扈与医护人员带到隔壁第八法庭休息。不久吴淑珍身体不适昏倒，医护人员迅速将她送往台大医院。合议庭在休息时间结束后，未受吴淑珍送医影响而继续开庭，庭讯到下午1时暂时结束休息，并于下午2时30分继续进行庭讯，4时25分休庭。吴淑珍在台大医院未能出庭。
第二次开庭：
台北地方法院2006年12月22日第二次开庭审理“国务机要费”案，吴淑珍请假未出庭。9时30分该案开庭。审判长蔡守训首先表明，被告辩护律师主张的“违宪”、应声请“释宪”等理由无法说服合议庭，因而裁定续审，不得抗告。此后，检辩双方围绕证据、程序等问题展开激烈攻防。被告律师称无意拖延此案审理，但需要时间详阅卷宗和证物后再对证据能力做出说明。
中午，台北“地检署”公诉检察官张熙怀向合议庭声请保全证据，请求合议庭与检察官、被告与所有辩护人即刻到“总统府”调阅、扣押相关资料。合议庭经评议后，驳回检方声请，但表示法院将依规定，函请“总统府”将相关卷证于12月27日中午12时以前函复法院。
审判长蔡守训在下午2时20分许宣布，将于12月29日上午9时30分再度召开准备程序庭，并请律师转告吴淑珍应在身体状况许可下出庭。下次开庭的主要内容，将针对该案的三大卷宗内容是否为“机密”进行讨论。
第三次开庭：
“国务机要费”案2006年12月29日第三次在台北“地方”法院开庭。被告陈水扁夫人吴淑珍再度请假，遭部分政客刻意“抹红”的公诉检察官张熙怀也未莅庭。
庭上攻防仍然激烈。公诉检察官主张“机要费”案中的六项“秘密外交工作”并非机密，再度向合议庭声请保全证据，即刻到“总统府”调阅、扣押相关事实资料。审判长蔡守训认为，检方所需资料，只要再请函复即可，决定驳回检方声请。
合议庭决定2007年1月12日再开庭，并请律师转达吴淑珍若身体许可，应该出庭应讯。此外，合议庭法官裁定3日上午9时30分，在台北地院第五法庭让辩护律师核对全案的发票影本，当天若核对不完，隔天继续进行。
第四次开庭：
针对“国务机要费”案，台北“地方法院”2007年1月12日第四次召开准备程序庭。庭上，检、辩双方围绕两焦点展开攻防：一是能否调阅陈水扁夫人吴淑珍的病历，二是相关文件是否是“机密”。
对于吴淑珍第三次请假未出庭，公诉检察官张熙怀请求合议庭调阅自2006年7月1日起吴淑珍在台大医院的就诊纪录及病历、护理资料。辩方律师顾立雄则表示，合议庭若调阅吴淑珍病历等资料，将涉及侵犯个人隐私权；吴淑珍出庭若有风险，将由审判长自行承担。
对于陈水扁应检方讯问时指称的“机密文件”是不是“机密”，公诉检察官林达引用三包卷宗资料，陈述并非“机密”，遭辩护律师团抗议。张熙怀则主张，为加速本案审理进度，秉持前两次声请保全证据的原则，建请台北地方法院传唤现任及近五年历任“总统府”秘书长等人到庭说明。
经合议庭评议，决议19日再度开庭时，传唤“总统府”第二局局长等四人到庭作证，至于秘书长等人员，则另外再作决定。
第五次开庭：
台北“地方法院”2007年1月19日第五度对“国务机要费”案召开准备程序庭，扁妻吴淑珍仍请假不出庭，“总统府”秘书长陈唐山等5名证人也均向法院请假。庭讯重点仍集中在陈水扁所提六项“秘密外交”工作是否为所谓“国家机密保护法”所规定的“国家机密”。
合议庭裁定“国务机要费”中的六项“外交”工作并非“国家机密”，并谕知于1月23日对争议三包卷宗开放阅卷，并以最速件函询陈水扁，若陈水扁对开放阅卷有不同意见，必须在22日中午以前回复。
审判长蔡守训在驳回律师请求“释宪”声请后，要求律师不得再随便发言，蔡守训谕知将于2月2日再度开庭。
第六次开庭：
2007年2月2日，“国务机要费”案再开庭，陈水扁夫人吴淑珍五度请假。公诉检察官林达表示，下次再次开庭时很需要吴淑珍到庭；若吴淑珍下次再不出庭，希望法院采纳检方的主张，调取病历了解吴淑珍可否出庭的客观情况。
被告律师团质疑合议庭勘验发票的过程不符合相关规定。但合议庭则认为，勘验程序主要是确认发票是否具有证据能力，并非实质审理，因此裁定继续勘验，并将于2月9日再度开庭。
当日的庭讯主要对于“国务机要费”被查扣的2000多张发票进行勘验程序，并核对正本与律师所调阅的复印件是否相符。
律师杨芳婉与李胜琛表示，陈水扁已在1月25日向“司法院大法官会议”声请“释宪”，为“避免浪费司法资源”及泄漏“国家机密”，希望合议庭停止审理，但审判长蔡守训表示，合议庭对此早已作出裁定，全案将继续审理。
