7月26日，国民党举行党主席改选，马英九高票当选。马英九晚间先在竞选办事处发表简短感言，随后赶赴国民党中央党部，向现任国民党主席吴伯雄及选监人员致意。

　　27日，中共中央总书记胡锦涛发贺电祝贺。胡锦涛在贺电中表示：“由衷期望贵我两党继续推动两岸关系和平发展，进一步深化政治互信，不断为两岸同胞谋福祉，开创中华民族的伟大复兴。”马英九随即复电。

　　投票率成关注焦点

　　开票结果出炉后，投票率成了岛内舆论关注的焦点，被认为是测试深蓝铁票是否“生锈”及检验马英九一年施政的重要指标。

　　马英九以93.87%的得票率当选，但据岛内媒体报道，这次党主席选举，投票率未达五成的县市共有6个，分别是台北县、台北市、桃园县、新竹县、新竹市及台南市。其中北部5县市属蓝营票仓。

　　针对这一现象，吴伯雄27日受访时表示，希望大家不要过度解读，选票本来就有高有低，但从结果来看，“差不多是我们预估的”。

　　国民党“立委”周守训说，蓝营执政5县市的低投票率可能跟县市长初选争议有关，但不管怎样，这间接说明了，面对党内各项疑难杂症，马英九还没有提出化解争议、整合党内的药方。

　　《中国时报》也给出了分析：缺乏当家作主的感觉，自然影响投票热情。“因为整个党主席选举的重心都在冲高马英九的得票率，摆明了是对各级党工以及党籍政治人物忠诚度的检验。”

　　国民党内部重新洗牌

　　马英九当选党主席，国民党迈入“以党辅政”新局，党内未来人事布局，也备受瞩目。据台湾“中央社”报道，根据国民党党章规定，未来副主席设置若干人，由党主席提名。不过马英九已明白表示，在尚未就任党主席之前，不会就人事发表看法。

　　此外，国民党中央委员也将在8月16日改选，9月6日进行中常委选举，两项选举皆攸关未来国民党中央权力结构重新洗牌。国民党副秘书长吴敦义27日表示，国民党规划7月28日提出210位中央委员名单。

　　马英九在竞选党主席政见中，将中常会定位为沟通协调平台，兼顾代表性、功能性。据此，有国民党内人士分析，若“中央委员”大幅提名政务官，未来中常委也将会有多位政务官投入角逐，中常会势必重新洗牌，行政团队比重会有较大提高。

　　与此同时，未来两岸之间的互动方式，也引发各界关切。岛内舆论认为，马英九的党主席身份，对于未来的两岸高层互动，乃至于政治议题的登场，究竟是契机还是局限，仍有待进一步观察。

　　加分或减分要自己答

　　27日，马英九在竞选感言中说，交接后将重新推动党务改革。对此，《联合报》文章分析指出，年底县市长及县市议员选举中，国民党是否能展现壮士断腕的决心，彻底和黑金划清界限，将是马英九推动党务改革的第一道试金石。

　　马英九在竞选感言中还说，今后会全心全意提升党政合作的紧密度，这是他参选党主席最基本、最核心的目标。对此，也有岛内媒体分析指出，如何强化行政部门与立法部门之间的互动与整合？如何更好地体现民意，在岛内不产生“一党独大”的弊端？这些都是挑战。

　　也有媒体发表评论说，倘若马英九认定兼任党魁是“以党辅政”，兼任党魁应是一种手段与过程，最终目的仍是端出亮眼政绩，这也是马兼任党魁后，无可回避的考验，否则“完全执政，完全负责”就是口号一场。

　　选举结果已成定局，未来如何？有岛内学者投书媒体说，已经站到了第一线，未来是加分还是减分，要由马英九自己作答。(木曰)