5月5日 特侦组侦办陈水扁涉贪渎等案第二波案情侦查终结。检方依公务员对职务上的行为收受贿赂及图利等罪，将陈水扁及妻子吴淑珍追加起诉。

　　5月11日 台北地方法院针对陈水扁延押与否展开评议，宣布将陈水扁继续羁押两个月。

　　6月3日 特侦组侦办陈水扁涉贪渎等案，发现陈水扁女儿陈幸妤、女婿赵建铭、儿子陈致中在屡次侦讯过程中供词不一，涉嫌伪证罪。特侦组已分案侦办，并将3人列为被告。

　　6月4日 针对特侦组5月5日追加起诉陈水扁和吴淑珍收贿、图利以及违反“政治献金法”三项罪嫌，台北地方法院传唤吴淑珍召开准备程序庭，吴淑珍当庭部分认罪。

　　6月22日 陈水扁女儿陈幸妤、女婿赵建铭、儿子陈致中均坦承曾作伪证。

　　陈水扁涉嫌在任内11次出访期间，侵占机密“外交”款项共计30余万美元，已被列为贪污被告。案件已被移送特侦组侦办。

　　6月30日 台北地检署侦办陈水扁女儿陈幸妤伪证案，签分吴淑珍为教唆伪证罪被告。

　　7月13日 台北地方法院宣布，陈水扁被控贪污、洗钱等案，羁押要件未消失，合议庭裁定将其继续延押两个月。

　　7月17日 台北地检署依伪证罪起诉陈水扁夫人吴淑珍、儿子陈致中、女儿陈幸妤、女婿赵建铭，并依教唆伪证罪起诉吴淑珍。由于吴淑珍等4人在侦查中自白，检方请求法院减轻其刑。

　　7月27日 台北地方法院审理陈水扁家族弊案，从当日起到7月30日展开密集开庭，并进行言词辩论程序。

　　8月4日 台北地方法院传唤陈水扁儿子陈致中等6人确认认罪协商。检方指出，由于6名被告犯罪情节重大，且有后案待查，6人认罪协商都将遭拒绝。

　　三、法院宣判阶段——扁家人因各种罪名分别获刑

　　9月1日 台检方侦办机要费案衍生伪证案，起诉陈水扁家族4人以及前101大楼董事长陈敏熏，台北地方法院作出一审宣判：扁妻吴淑珍判刑2年，减刑为1年；扁子陈致中、女儿陈幸妤、女婿赵建铭判刑1年，减刑为6个月。

　　此外，法院另案告发陈致中、陈幸妤涉及贪污罪。此后，法官另告发陈水扁涉嫌教唆伪证罪，由检察官侦办。

　　9月11日 台北法院对陈水扁家族所涉机要费、洗钱、龙潭购地、南港展馆等弊案，进行一审宣判。