另一方面对于“新潮流系”的转变，文章指出这是“同样也是令人感到惊讶”，民进党在成立初期，并不重视大陆情况研究。后来由陈忠信倡议成立“中国事务部”的前身──“中国事务委员会”，并亲自出任其负责人。但在这时，“新潮流系”突然重视起大陆事务研究来，并由“系”内大老筹资支持有潜质者出外深造，还设法篡夺“中国事务部”权力，从中安插了骨干成员。这也是“新潮流系”控制民进党中央文宣、民调、国际、“中国”等一级部门之说的来源。

　　文章分析指出，但“新潮流系”此时热衷于大陆事务，并非是要积极推动两岸经贸发展，而是要实践其“台独”理论。民进党的“台独党纲”，就是由“新潮流系”发动并推动的。1998年2月民进党所谓“中国政策研讨会”上，“新潮流系”提出并捍卫其“强本渐进”主张，是“新潮流系”保守、僵化大陆主张的登峰造极。但在这次辩论中，“新潮流系”与提出“大胆西进”的“美丽岛系”妥协，两个对立的主张揉合为“强本西进”之后，“新潮流系”的大陆政策主张似出现了“顶峰效应”──发展到极顶后，再往前就是下坡了。“新潮流系”开始有了较为理智的大陆理论出现。

　　2004年“总统”选后，陈水扁忌慑于“新潮流系”的严密组织能力，与之疏远，使到“新潮流系”大生“秋后扇”之感，开始滋生“逢扁必反”情绪，其中李文忠、段宜康等人的表现尤为突出。这次陈水扁在“元旦讲话”中抛出“积极管理，有效开放”论后，“新潮流系”普遍持批评态度，连为参加党主席补选而退“流”的翁金珠，周日在电视辩论中也公开提出批评。李文忠更针对陈水扁拒绝熊猫赴台，语带嘲讽的说，“难道大陆送熊猫，台湾的小孩子就会支持统一？这根本是笑话”。

　　文章在最后指出，当然，“新潮流系”最近在对大陆经贸关系上的转变，究竟是其本身立场的根本转变，还是“凡扁必反”的情绪之作？还要仍需冷静观察。

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