陈水扁就任台湾当局领导人4年多来，一方面高喊要“两岸和平”，多次宣称其大陆政策“致力维持两岸关系稳定”；另一方面却变本加厉地利用手中的权力推行“渐进式台独”。
不遗余力鼓吹“一边一国”，为“台独”寻找“法理根据”
陈水扁上台后，全面继承了李登辉“两国论”的衣钵，拒不接受一个中国原则，推翻“九二共识”(海协与台湾海基会1992年达成的各自以口头方式表述“海峡两岸均坚持一个中国原则”)，抛出“一边一国”论，重演“两国论”闹剧。
2002年8月3日，陈水扁对在日本东京召开的老牌“台独”组织──“世界台湾人同乡会”第29届年会发表录像谈话，声称“台湾是一个主权独立的国家，简言之，台湾跟对岸中国一边一国，要分清楚”，把两岸关系称为“国与国”关系，并鼓噪要用“公民投票”方式决定“台湾的前途、命运和现状”。
为落实其“一边一国”分裂主张，挑战一个中国原则，陈水扁采取了一系列手段：一是通过提高与美国等主要西方国家的“官方”接触层次，以所谓“过境外交”、“民主、人权外交”等方式，竭力谋求与这些国家建立事实上的“官方关系”，蚕食一个中国框架；二是推出所谓“攻击性”的“烽火外交”策略，大搞“金钱外交”，收买一些小国家跟他起哄。陈水扁、吕秀莲等台湾当局高层政要亲自出马，演出种种“过境”、“度假”、“访问”的闹剧；三是继续不遗余力地推动所谓“重返联合国”活动，想方设法谋求挤入世界卫生组织等只能由主权国家参加的国际组织，图谋达到制造两岸是“互不隶属”的“一边一国”的目的。
千方百计“去中国化”，蚕食和平统一基础
作为李登辉分裂路线的继承人，陈水扁上台后大力推行“文化台独”。在陈水扁的主导下，台湾当局利用执政地位和资源，在政治、经济、文化教育等层面全面推行“去中国化”，为台湾走向“独立”铺路。
陈水扁上台不久，为凸显其“台独”理念，处处刻意以“台湾”取代“中国”，全面清除带有“中国”或“统一”象征的政治符号。岛内有关“统一中国”、“反台独”的标语牌尽被拆除；所有驻外机构推动“更名”计划；台“新闻局”停用了带有“中国版图”的旧局徽，在其英文版“中华民国年鉴”封面上首次加上了“台湾”字样，还刻意将原来放在年鉴首页的中国地图移至末页，首页则换成台湾地图；新版的所谓“护照”上加注“TAIWAN”(台湾)……这些动作的意图十分明显，即彰显台湾的“主体地位”，制造“一中一台”。
在文化教育领域，陈水扁当局推翻原来采用国际通行的汉语拼音方案的决定，改为采用所谓“本土研发”的“通用拼音”，在中小学开设“乡土语言”课，强行推动“台语”教学，以弱化“国语”(普通话)在台湾的地位；小学、中学则推行“乡土教学”，将李登辉授意下完成的具有浓厚“台独”倾向的《认识台湾》教科书作为教材范本；公然篡改高中历史课程大纲，将明代中期以后的中国历史划入世界史范畴；刻意将“台湾文化”和中国文化分开且并列对等起来，鼓吹“台湾要摆脱中国历史、文化的制约，与中国脱钩”。
极力推动“公投制宪”，公然制定“台独”时间表
陈水扁刻意误导台湾民意、肆意煽动仇视祖国大陆情绪，竭力挑衅大陆和台湾同属一个中国的现状，公然提出通过“公投制宪”走向“台独”的时间表，将两岸关系推到危险的边缘。
陈水扁执政初期，由于地位未稳，尚不敢明火执仗地鼓吹“公投立法”，当民进党成为台湾所谓“立法院”第一大党后，陈水扁的“台独”野心日益膨胀，开始由暗中策动“公投立法”发展到公开推动。2002年7月，他宣称要以“公民投票”方式决定所谓“台湾的前途”。
2003年3月14日，陈水扁出席海外极端“台独”组织在高雄市召开的“世界台湾人大会”年会，并乘机发表讲话，宣称如果他“能够连任”，将全力推动“台湾新宪法”，“在2006年公投制宪、2008年实施台湾新宪法”。陈水扁的所谓台湾“新宪法”，就是要使台湾成为“主权独立国家”，为实现其“台独建国”定出了一个时间表。
2003年7月17日，民进党当局在台“立法院”临时会议未能通过“公投法”的情况下，仍公布了所谓的“办理公民投票实施要点”，在陈水扁和民进党的强力推动和策划下，不顾民众反对声音，2004年陈水扁悍然推动了所谓“3·20防御性公投”。
对台湾军队进行彻头彻尾的“台独”大改造
陈水扁执政以来，把台湾军队看作其推动“台独”分裂活动的实力基础，据此大力改造和培养台军为其政权服务，从灵魂深处对官兵进行“洗脑”，企图将台军彻底变成其实现“台独”、分裂祖国的御用工具。
长期以来，台湾军队在国民党和两蒋(蒋介石、蒋经国)的统领下，一直恪守反“台独”的信条。陈水扁为了把台军改造成名副其实的“台独”军队，不择手段对其从思想上进行改造。
陈水扁以军令、政令方式要求台军拆除所有营区室内外的“统一中国”、“复兴中华文化”等有关统一的标语，颁发《政战工作训令》，将台军“为中华民国而战”的理念，改成“为国家的生存和发展而战，为人民的安全福祉而战”；将台军每次演习或召开大会高呼的“国家统一万岁”、“中华民国万岁”口号，改呼为“台湾人民万岁”；将台军“反台独”、“反独促统”的政治教育，改为“国家认同教育”；将台军内部刊物、军人服饰和重要装备上长期使用的“中国”字样，全部改换为“中华民国”；连台湾海军军舰也进行“正名”，拟将其海军现役的战舰中的“康定”、“西宁”、“武昌”号军舰，改为用“鸡笼”(基隆旧称)、“鹿港”、“打狗”(高雄旧称)等台湾地名命名……以图从头到尾对台湾军队进行“台独”大包装。4年来，在陈水扁的改造、操控下，台湾军队“台独”意识日益占据军中主导地位。
“台湾正名”提上日程，以此制造台湾的“事实独立”
陈水扁千方百计冷却、破坏两岸关系，阻挠两岸“三通”，重提经济“南向政策”，打压到大陆投资的台商。在陈水扁的纵容、支持下，“台独”分子的所谓“台湾正名运动”不断升级。今年9月，为确立“台湾”在国际社会中的“独立实体地位”，陈水扁公然声称“中华民国国号的最好简称就是台湾”，欲用“台湾”名号取代所谓“中华民国”，彻底割断台湾与中国的联系。陈水扁“国号简称”的言论，再次暴露了他制造“台独”的本质，在制造台湾“事实独立”道路上又迈出危险的一步。
值得注意的是，台湾当局“行政院”在9月初出台“行政院”机构调整方案，将原来作为独立“部会”的“大陆事务委员会”变成“院本部”单位，可能改名为“大陆办公室”。台湾舆论指出：陈水扁上台以来，已经把原来的“国统会”、“海基会”功能基本废除，台湾当局“这次机构调整”对“陆委会”的明升暗降，背后隐藏着陈水扁“冷处理”两岸关系、包藏着“去中国化”和走向“台独”的图谋。(来源：半月谈 记者：林双川)
