在《黑客帝国》第一集结尾,基努里维斯扮演的人类“救世主”尼奥完成了重生。《黑客帝国2:重装上阵》中,电脑母体(Matrix)遭到病毒攻击,尼奥、孟菲斯和崔妮蒂等要拯救被困在母体中的人类。越来越多的人从虚拟世界里醒悟过来,人类与病毒之间的战争转移到人类聚居的地球核心城市Zion,人们在作最后抵抗,唯一的希望落在一个带眼镜的亚洲人和他手中的一串钥匙手中……