历史问题是中日关系中敏感的政治问题。如何认识和对待日本军国主义侵略中国的历史，早在一九七二年中日邦交正常化谈判时就是焦点，在中日联合声明和中日和平友好条约中有明确表述，是事关中日关系政治基础的重大原则问题。中方历来主张“以史为鉴，面向未来”，愿意在尊重历史的基础上，发展两国人民世代友好。但前提是必须正视和承认历史。1998年江泽民主席访日时，全面、深入、系统地阐述了中方原则立场。日方首次承认对中国的侵略并表示深刻反省和道歉，并与中方共同确认正确认识和对待历史是发展中日关系的重要基础。另一方面，日本极少数右翼势力否定、美化侵略历史的活动仍时有发生，主要表现在：右翼势力通过炮制历史教科书宣传反动史观、日本领导人参拜靖国神社等。

　　2001年以来，连续发生历史教科书问题和靖国神社问题，对中日关系形成严重干扰。中方对此及时进行了必要斗争，敦促日本政府以实际行动履行在历史问题上的表态和承诺，并对极少数右翼分子严加约束，以正确的历史观教育国民。

　　从2001年至2006年，小泉首相无视国际社会、亚洲邻国和日本人民的关切和反对，六次参拜靖国神社，导致中日关系陷入政治僵局。