从4月9日起，严家淦和全体治丧大员轮流在国父纪念馆为蒋介石守灵。其间，台湾当局不知出于何种心态，发表《告大陆同胞书》，号召完成蒋介石遗愿，推翻中共政权，同时继续奉行贯彻蒋介石对大陆同胞的一切“保证”。

　　4月16日是蒋介石的大殓日，8时5分仪式开始。8时8分45秒，蒋介石灵柩的棺盖放在7尺铜棺之上。之后，由张群、何应钦、陈立夫、薛岳、谷正纲、黄少谷、黄杰、谢东闵等8位中国国民党中央评议委员、中央常务委员将一面青天白日旗覆盖在灵柩之上。接着，严家淦与“五院”院长、“行政院”副院长徐庆钟、“总统府资政”王云五、“光复大陆设计委员会”副主任于斌等在灵柩上覆盖了青天白日满地红“国旗”。然后，严家淦恭读祭文。

　　礼毕后，台湾当局还怕蒋介石不能升“天堂”，又在蒋介石的大殓日，以基督教仪式行之。牧师周联华为蒋介石主持了追思礼拜与安灵礼。周在证道中引述了蒋介石的所谓“嘉言”：

　　“忍受试练越深，赞美的歌声越高。属灵的奥秘祝福即在试练之中。丰盛的生命必须经过在狂风暴雨之中生长的。以信为本的人必定有1000次顶大的试练等在前面。”台湾《中央日报》社编：《领袖精神万古常新》。

　　其后，周联华领导读经文、诗篇第23篇，读启应文。追思礼拜结束，响起圣乐，纪念馆外鸣礼炮21响。接着，蒋介石的灵柩在执绋人员的护送下，停放在灵车之上。

　　灵车前身用20万朵深黄色的菊花装饰，两边各有几条白绋，车前挂一青天白日“国徽”及鲜花十字架。灵车队由99辆宪兵队开道车领前，包括“国旗”车、党旗车、统帅旗军、奉行蒋介石遗嘱令车、捧勋车、遗像车。车队后面是宋美龄挽蒋介石的大型黄菊十字架，家属随其后。2000多执绋人员缓缓驶向蒋介石灵柩的暂厝地——慈湖。

　　据台湾报载：在蒋介石灵柩驶往慈湖的路上，当局发动了成千上万的学生在灵车所经途中跪地“迎灵”。绝大多数行业停止营业，鲜艳的建筑上一律奉命改漆素色，不合丧悼气氛的广告，也一律从改。交通路口则搭牌楼，各家要挂挽额，平常失修的马路和未铺柏油的路面一律要整修，害得沿路各商家和修路工人日夜赶工，满肚子的怨言无处申诉。当日，治丧委员会的大员们还想出了“路祭”这个名堂，沿路分配各机构行号另设供桌，同时规定灵车经过时不许迎灵的人们抬头正视。此外还要求民众在大典鸣炮之时，在原地悼念3分钟。

　　下午1时10分，安灵礼在慈湖宾馆完成。蒋介石的灵柩停放在正厅中央的灵堂上。灵堂是以漆黑光亮的花岗石建造的，长3��2米，宽1��8米，高1��43米。灵堂上镶着青天白日徽，灵台基层四周缀满白色雏菊。正厅东侧是蒋介石原卧室，房内一切布置保持原状。靠窗子的地方有一张深咖啡色的书桌，桌上有一架蒋介石生前使用的电话，大理石笔筒和一个白色的碗。书桌南侧有一架黑白电视机，还有蒋介石的鸭舌帽与眼镜，并排放在电视机上。北面靠墙地方有一个书架，放着蒋介石生前读过的各种书籍，墙上挂着一幅宋美龄画作。在卧室的茶几上，放着一张蒋介石生前用红铅笔写的一张便条：“能屈能伸”。台湾当局设计这一情节想要告诉人们什么呢？《蒋总统秘录》作者古屋奎二对此解释说：

　　“顺应环境，当忍则忍，应屈则屈，以待未来伸展之意。”古屋奎二：《蒋总统秘录》第14辑。